Ausschnitt Karte der Oberlausitz, Kupferstich von Adam Friedrich Zürner, 1759

Karte des Markgrafentums Oberlausitz, Kupferstich von Adam Friedrich Zürner, 1759
Quelle: SLUB Dresden/Deutsche Fotothek (CC-BY-SA 4.0)
16./17. Jh. Der Klosterherrschaft St. Marienstern gelingt erfolgreich die Rekatholisierung der Einwohner Wittichenaus. Die waren nach der Reformation zum evangelischen Glauben übergetreten.
1541 Da Hoyerswerda nach der Reformation evangelisch wurde, ritten die Wittichenauer Osterreiter das letzte Mal am 09.04.1540 über Keula und Dörgenhausen nach Hoyerswerda. Wittichenau blieb katholisch und dem Kloster Sankt Marienstern treu.  Seitdem führt der Weg der Wittichenauer Reiter in das 12 km entfernte katholische Ralbitz. Auf dem Weg dorthin verkünden die Reiter betend und singend die Auferstehungsbotschaft Jesu Christi.
1603 In Wittichenau grassiert eine Pestepidemie. Die Pestsäule im Wald- und Strandbad erinnert daran.
1620 Evangelische Soldaten besetzen die Kreuzkirche.
1623 Kaiser Ferdinand II. verleiht das Privileg des Brücken- und Pflasterzolls.
1630 erste Erwähnung eines Brauhauses auf dem Markt
1636 Die Lausitzer kommen unter sächsische Herrschaft.
1639 Schwedische Truppen verfehlen Wittichenau im Nebel (in der Nähe von Brischko).
1668 Kanonikus Serbin reist nach Wien und erwirkt bei Kaiser Leopold I. einen kaiserlichen Schutzbrief vom 16. Januar 1669 zur Verteidigung der Rechte der katholischen Bürger der Stadt Wittichenau gegenüber dem protestantenfreundlichen Erlass des Kurfürsten Georg II. von Sachsen.
1672 Gründung der Erzbruderschaft des heiligen Rosenkranzes
1700 Am 15. April wallfahrte Kaplan Peter Dubenka mit 15 sorbischen Pilgern nach Rom, wurde von Papst Innozenz XII. empfangen und kehrte mit den Reliquien des römischen Märtyrers Bonifatius am 22. August zurück.
1704 Der kroatische Oberst Johann von Schadowitz (Vorbild für die Sagengestalt „Krabat“) stirbt 80-jährig und wird in der Pfarrkirche beigesetzt.
1723 Erbauung des barocken Hochaltares in der Pfarrkirche durch den Prager Bildhauer Mathias Wenzel Jäckel (dieser wurde in Wittichenau geboren)
1732 Errichtung einer Postmeilensäule auf dem Marktplatz
1749 Am 10. Februar erteilt König Friedrich August von Polen das weitere Recht, drei Jahrmärkte abzuhalten und für jedes fremdes Stück Vieh und für jeden fremden Lastwagen ein Zoll- und Brückengeld zu erheben.
Kaiser Leopold bestätigte im 66. Jahr seiner Regierung die Erhebung des Brücken- und Pflasterzolls.
1763 Die Stadtschule stürzt ein.
1780 Großer Stadtbrand, 237 Wohnhäuser, das Rathaus, die Pfarrschule, Stadtkaplanei, Stadtmühle und Kreuzkirche brennen nieder.
1781 Wiederaufbau der Kreuzkirche und Bau des Jakubetzschen Armenhospitales (ab 1788 als Schule genutzt).
1788 Die Georg-Leopold-Jakubetzsche-Schulstiftung wird eröffnet. Das Haus an der Bautzener Straße beherbergt seitdem eine Normalschule und eine Lehrerbildungsanstalt.
1799 Ein großer Stadtbrand vernichtet 294 Häuser.